Recuperado del dominio andalusí, será residencia de monarcas castellanos. Entre otros, aquí nació y vivió Alfonso X el Sabio. Con posterioridad en el lugar se asentó la Orden de Calatrava dejando una fuerte impronta arquitectónica en el conjunto (los mencionados ábside de Santa Fe y la sala de arcos polilobulados). En la segunda mitad del siglo XV, por orden de Isabel la Católica, se instala la Orden Concepcionista, constituyendo la casa madre de esta compañía fundada por la santa Beatriz de Silva, quien residió en el convento y promovió el delicado alfarje de madera policromada que cubre las salas 1 y -1 del museo. Esta dependencia forma parte del complejo conventual construido a continuación por la Orden de las Comendadoras de Santiago, toda vez que llegaron a Santa Fe en el año 1503. Son las comendadoras las promotoras del convento tal y como hoy se conoce, construido alrededor de un claustro, aunque las obras se dilataron hasta el siglo XVIII, año en que se levanta la escalera barroca. A consecuencia de la desamortización, las santiaguesas abandonan las dependencias en 1855 y en 1873 entra la Comunidad de Ursulinas de la Sagrada Familia de Loreto, convirtiendo el edificio en colegio, que lo sería hasta su cierre en 1973. En este año, el histórico inmueble es adquirido por el gobierno castellano-manchego. Se sucede un tiempo de total abandono y, en 2003, es rehabilitado por el Instituto de Patrimonio Cultural de España (IPCE).