La iglesia de Santa Cruz, declarada Bien de Interés Cultural en 2002, fue una de las primeras parroquias que hubo en Cuenca. Era una modesta construcción de una nave, de mampostería y con cubierta de madera. A mediados del siglo XVI, Juanes de Mendizábal el Viejo inició la reforma del templo y durante tres años estuvo al frente de la obra, pero el gran impulso lo recibió del obispo Fresneda, quien en 1568 encargó la remodelación del viejo edificio medieval a Francisco de Goycoa, arquitecto muy prestigioso en la ciudad y proveedor general de las obras del obispado. Como parece que era norma en él, no dirigió la obra personalmente sino que la puso en manos de Juanes de Mendizábal el Mozo, sobrino de Mendizábal el Viejo. Cuando Goycoa murió, el arquitecto Pedro de la Vaca introdujo algunas modificaciones en el proyecto, la más importante de las cuales fue dar mayor anchura a la nave.

Mendizábal el Mozo alzó los muros perimetrales, volteó unos arcos entre los contrafuertes y les adosó unas columnas de orden dórico, sustituidas por pilastras en el siglo XVIII. El edificio se cerró con un artesonado de madera que también en el siglo XVIII fue sustituido por una bóveda de medio cañón con lunetos en piedra de toba, aunque finalmente se derrumbaría a causa de la escasa solidez de los muros alzados en el siglo XVI.

La iglesia es de una sola nave, dividida en seis tramos por medio de contrafuertes con pilastras adosadas, y tiene ábside poligonal. La falta de espacio (la iglesia se asoma a la hoz del río Huécar) obligó a instalar la sacristía debajo de la capilla mayor. La portada es del siglo XVI y su traza muy sencilla, con un arco de medio punto entre pilastras jónicas. El cuerpo alto, que tiene una hornacina entre dos “ces”, tan características del arquitecto Rodrigo Gil de Hontañón, debió de ser alterado en su disposición y su decoración. En el interior se han conservado restos de pintura del siglo XVIII.